El recinto se encuentra rodeado por una muralla (1) rectangular de 544 x 277 metros. La altura de la muralla es de 10 metros y contiene 211 bastiones. Está construida en piedra caliza de grano fino. La fachada imita el palacio de Dyeser en Menfis. Consta de 14 puertas falsas (2), 3 en cada lado corto y 4 en lo largos y  una que imita una puerta falsa y permite el acceso a través de un estrecho pasadizo (3)  de apenas un metro de anchura y 6 de longitud. Esta puerta se distingue por que esta situada en un bastión mucho más ancho que el correspondiente a las 14 falsas. Por él corredor se accede a un pequeño patio en forma de trapecio, tras el que se abre un nuevo corredor que accede  a una especie de sala hipóstila , conocida como columnata de entrada, formada por 40 columnas acanaladas, de 6.60 metros de altura, adosadas a pilares, dispuestas en 2 filas y que dan lugar a tres naves, la central más elevada que las laterales. En estas últimas se abrían pequeños vanos que iluminaban débilmente la estancia. La importancia de esta cámara radica en ser la única estancia con este tipo de columnas conocida. No hay constancia de que fuesen empleadas en ninguna otra construcción en todo Egipto. La base mide un metro de diámetro y la parte superior 70 cm. El fuste, con acanaladuras, es una transposición en piedra del haz de cañas que hacía las funciones de soporte en las construcciones predinásticas, y en ellas se han encontrado restos de pintura de color rojo, intentando imitar la madera petrificada. La columnata tiene una longitud de 54 metros y no es paralela al muro exterior, sino que tiene una pequeña desviación hacia la izquierda. Tras la primera columna de la derecha se abre un pasadizo que a cielo abierto conduce hasta el patio del festival sed.

 Junto a esta columnata de entrada se encuentran los restos de un templo de tres columnas acanaladas (9), muy semejantes a las de la sala de entrada. Actualmente las columnas están reconstruidas hasta los capiteles y sujetaban un techo adornado por molduras que imitaban vigas de madera y estaban pintadas de color rojo. En el lado sur del templo se encuentra el recinto Heb-Sed (4) en el que el faraón celebraba la fiesta de regeneración de poderes. El recinto funerario de Dyeser es el único conocido en el que existe un patio de celebración del festival sed. En él se encuentran unas falsas capillas de cornisa arqueada y  una tribuna con escaleras que simboliza los tronos de Las Dos Tierras. En el exterior, en el patio central (5), al que se accede desde una falsa puerta de piedra desde la sala de acceso al recinto, existen dos construcciones, separadas entre si 54 metros, en forma de letra "B" (6) , de 11 metros de lado inclinadas desde los semicírculos de la B hacia la zona recta. Posiblemente representen las fronteras norte y sur entre las que el faraón debía realizar la carrera durante el jubileo. Dada la similitud entre los edificios de todo el recinto con los empleados en el festival se ha pensado que podrían estar construidos como medio de que el faraón una vez muerto pudiese celebrar fiestas de regeneración cuando lo dispusiese, asegurándose así la eternidad.

 Al norte del patio se encuentran dos estancias conocidas como "La casa del Sur (11) y la Casa del Norte (12)". Inicialmente se pensó que ambas casas podían representar las mastabas de princesas, debido a los restos encontrado en los que aparecen los nombres de Hetepherernebti e Inetkaus. Realmente las casas parece que no son más que edificios simbólicos. También se ha intentado identificarlos con el Per ur y el Per nu (típicos santuarios predinásticos del Alto y Bajo Egipto respectivamente, pero sinceramente parece una identificación hecha al azar. A la izquierda de éstas y justo detrás de la pirámide escalonada, adosado a la pared norte, está el serdab (10) en el que se encontró la estatua sedente del faraón que se encuentra en el Museo Egipcio de El Cairo. Ésta es la primera estatua de grandes dimensiones conocida realizada en piedra. En la pared principal se encuentran dos agujeros por los que puede verse una copia de la estatua tal y como estaba cuando se descubrió. Al lado del serdab se encontraba el templo funerario norte que actualmente está en ruinas.

 Adosada a la pared sur de la muralla está la sepultura meridional (7) con un pozo de 28 metros de profundidad y 7 de anchura que representa un cenotafio. Contiene además una cámara de granito y una sala con estelas. Originalmente debió contener los vasos canopos con las vísceras del rey. A su lado se encuentra una capilla que contiene el friso de las cobras.

 La pirámide (8)  se encuentra, aproximadamente, en el centro del recinto. El diseño fue atribuido al arquitecto Imhotep desde tiempos de Manetón, quien le describía como el inventor del arte de construir con piedra tallada. Los descubrimientos posteriores de fragmentos con el nombre del arquitecto han dado por seguro que fue el director del proyecto, si bien es cierto que posiblemente no fuese ideado originalmente por él, sino que se hizo cargo de la construcción posteriormente. La pirámide está construida como superposición de mastabas, con un total de 6 cuerpos. El motivo de los constantes cambios de proyecto se desconoce, pero se supone que originariamente se trataba de construir una mastaba, pero los muros del recinto impedirían ver la construcción, por lo que se decidió aumentar un segundo cuerpo y ampliar las dimensiones del primero. Si esto fuese cierto, queda por descubrir por que se continuó luego edificando cuerpos hasta llegar a los 6. Por otra parte se ha generado una teoría según la cual la actual pirámide no es más que la construcción interior, el núcleo de una pirámide que no fue nunca acabada.

 La pirámide tiene una base rectangular de 140 x 118 metros y una altura de 58 metros (originalmente eran 60 metros). Los 5 primeros cuerpos tiene lados inclinados en 16º y el sexto en 21º.  La tumba se encuentra en el centro de la pirámide en un pozo de 28 metros de profundidad y 7 metros de anchura. La cámara está formada por bloques de granito recubiertos de yeso. La cámara fue sellada con un bloque de granito de 3500 kilos sujeto mediante sogas. Posteriormente, en época saíta, se construyó una galería, en el lado sur, a la izquierda del altar para retirar este bloque. En torno a la cámara hay 4 galerías unidas a través de pasadizos. Aquí se descubrieron dos salas descubiertas de cerámica azul. En el lado este de la mastaba había otros 11 pozos de 32 metros de profanidad que accedían a otros pozos horizontales destinados a albergar los cuerpos de las esposa e hijos del faraón. En estos se han encontrado dos sarcófagos de alabastro y una gran colección de piezas de alabastro, cuarzo, pizarra, etc compuesta de fuentes, tazas, platos y bandejas.

 La pirámide es el resultado de 6 proyectos de construcción. Sobre el proyecto original hubo constantes modificaciones que acabaron por dar forma a la primera pirámide de Egipto, como puede apreciarse en las caras norte, este y sur. Las fases fueron:

1. El proyecto original consistía en la construcción de una típica mastaba con una base cuadrada de 63 metros de lado y 8 de altura,  recubierta con bloques de caliza en hileras horizontales. Las paredes tenían una inclinación de 8.5º hacia el interior.
2. Ampliación de la base y revestimiento de 4 metros de espesor. El ángulo de los lados paso a ser 6º. En este segundo proyecto se excavaron los 11 pozos en el exterior.
3. Ampliación del segundo proyecto en 8 metros, en dirección este, con intención de incorporar las 11 tumbas de la familia real . La ampliación este-oeste choca con la disposición norte-sur típica de las mastabas.
4. Primera ampliación vertical. Antes de terminar los trabajos de la 2 ampliación se produjo el cambio radical. Fue en este momento cuando se comenzó la construcción de los muros exteriores del recinto y de los edificios interiores. La tumba había pasado de ser una simple mastaba a convertirse en un recinto funerario que incorporaría la pirámide escalonada. Se incorporaron 3 nuevos cuerpos y la base fue ampliada 3 metros por cada lado ( 76.5 x 85 metros de base). El resultado era una pirámide escalonada de 4 escalones y de 45 metros de altura.
5. Ampliación en sentido norte para alcanzar los 6  cuerpos. No llegó  a acabarse, pues a los 5 metros del revestimiento se realizó la 5 modificación.
6. Ampliación de 2.5 metros en sentido norte y revestimiento en las caras norte, sur y este del cuerpo original. La cara oeste no se revistió por ser la pared en la que se encontraba adosada.